かつて、突如として現れた正体不明の敵・アンノウン。 　　「超進化鉄道開発機構」通称「ERDA（エルダ）」は、 　　対抗手段として新幹線が変形するロボット「シンカリオン」を開発し、脅威に備えていた。 　　「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」 　　中学２年生の大成タイセイは、2年前に失踪した姉の手がかりを求めて、進開学園中等部に転入する。 　　その矢先、10年ぶりにアンノウンが出現。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として 　　高い適性値を持つことが判明し、闘う決断を迫られることとなる。 　　アンノウンの正体、そして目的は何なのか…。闘いの末に見えてきた真実とは…。 　　少年たちの決意と成長の物語が、今、始まる―。